サックスをチューニングする場合、テナー(および、ソプラノ)の場合は、中間のB(左の人差し指)(実音A)で合わせることが多いでしょう(オクターブキーは開けてる場合も閉じてる場合もある)。しかし、いずれにせよ、この音だと管体の一部しか音出しに貢献してないですし、リップでいくらでもピッチが変わってしまうので、チューニングの基音としてはあまり好ましくありません。その楽器の本来のピッチが表れている音、かつ、リップで調整しにくい音ということで、最低音のBでチューニングしてマウスピースの位置を調整した後に、その状態で上の音をリップで合わせられるよう練習すべきです。
この話、どっかで読みましたがもうどこだか忘れちゃいました。一理あると思いますので練習の時はそうしています。アルトの場合はアルトの最低音のB(実音D)で合わせるとよいでしょう。もちろん、最低音のBbで合わせても良いのですが、あんまり使わない音なので、楽器の最低音BまたはCが基準音としてよろしいのではないかと思います。